Дана Скалли родилась 23 февраля 1964 года. Отец, Билл Скалли, служил на флоте, и семья, следуя за ним, постоянно перебиралась с одной военной базы на другую. Дана была бойкой девочкой - стреляла из ружья, интересовалась моделями самолетов. В 13 лет тайком курила. В 1986 году она получила степень бакалавра по физике в университете Мериленда. Затем Скалли поступила в медицинскую школу, где ее еще во время учебы завербовали в ФБР. Отказавшись от врачебной практики вопреки желанию родителей, она поступила в Академию ФБР. Успешно закончив курс обучения, еще два года она уже сама преподавала в Квантико судебную медицину. Она на хорошем счету у начальства, ее карьера продвигалась вполне успешно, Позже её назначили напарницей агента Малдера в отделе «Секретные материалы».
Скалли стремится находить рациональные объяснения необычным событиям, что нередко приводит к спорам с Малдером. Первоначально ей поручено оценивать его работу и писать отчёты об отделе «Секретные материалы». Постепенно профессиональное сотрудничество перерастает в глубокое взаимное доверие.