Капитан Арчер - сын известного инженера, Генри Арчера, разработавшего систему Варп-5. Именно Джонатан был назначен на пост капитана корабля Энтерпрайз NX-01, земного звездолёта проекта NX с двигателем варп 5 и возглавил миссию по исследованию космоса силами людского флота.
Джонатан родился в 2112 году на Земле. С детства он грезил космосом и мечтал о том, чтобы оказаться на корабле, бороздящем просторы вселенной, но также от отца он знал, что вулканцы не дают добро на полёты людей, считая их ещё не готовыми.
16 апреля 2151 года Джонатан Арчер впервые вывел Энтерпрайз из доков ознаменовав тем самым выход человечества на дальние рубежи космоса.
Благодаря грамотному командованию капитана Арчера Земле удалось установить контакты с множеством новых форм жизни, получить ценные технологии, разрешить массу конфликтов, уберечь множество рас от уничтожения, принять участие во временной войне, конфликте с Зинди и многих других событиях. Но главное, именно Джонатан стал главной действующей фигурой при создании Объединённой Федерации Планет.
За долгие годы службы Арчер успел побывать капитаном корабля, командующим штаба Звездного Флота, послом на Андории, членом совета Федерации и, наконец, президентом Федерации.
Арчер вошёл в историю как один из основателей Федерации.