После 50 летней оккупации Кардассианким Союзом планета Бэйджор наконец освобождена. Но из-за общественного, культурного и экономического опустошения, вызванного длительным периодом захвата, временное баджорское правительство обращается с просьбой о помощи к Федерации.
Основное действие сериала происходит на станции Глубокий Космос 9, которое баджорское правительство передало под юрисдикцию Федерации.

Эта станция, первоначально никому не нужная, отдаленное и скучное место, находящиеся на самых границах Федерации, быстро превращается в один из основных галактических торговых центров, благодаря открытию рядом со станцией пространственного гипертуннеля, червоточины, соединяющего два квадранта галактики: наш родной Квадрант Альфа и загадочный, до этого совершенно не изученный, Квадрант Гамма. Первоначально червоточина рассматривался как прекрасный путь для торговли и обмена технологиями, некто не ожидал, что через него смогут придти и враги, настолько опасные что для защиты от них Федерации придется объединиться со своими старыми недругами: Клингонской и Ромуланской империями.