Майор Джон Шеппард - одаренный военный пилот, приписанный к военно-воздушной базе Макмердека. Однажды он нарушил прямой приказ и полетел спасать на своем вертолете двух рейнджеров, оказавшихся в ловушке за линией фронта, и не смотря на удачный исход, данный факт не пошёл ему на пользу. Он выглядит упрямым и скрывает свои математические способности. У него извращенное чувство юмора и он любит притворяться более глупым,  чем он есть на самом деле.

Шеппард очень старается быть совершенным и очаровательным джентльменом, но дерется с устремленностью и единственной целью. Он подвергает сомнению приказы начальства и всегда действует инстинктивно, направляя свои действия в соответствии со своей строгой моралью.
Так же, он обладает редким геном, который позволяет ему взаимодействовать с древней технологией.