1. Поисково-спасательная операция (Search and Rescue)

Один из спасшихся после взрыва комплекса Майкла принес дурные вести жителям Атлантиды. Картер немедленно собрала спасательную команду, включив в нее доктора Келлер и недавно прибывшую в город капитана Алисию Вега. Однако когда они прибыли на планету, Рейфы захлопнули ловушку, открыв входящую червоточину, чтобы предотвратить бегство.

2. Семя (The Seed)

Работа врача опасна и Дженнифер Келлер испытала это на себе. Только по счастливому стечению обстоятельств она заболела именно тогда, когда создала лекарство для доктора Бекетта, что позволило вывести его из стазиса. Тем временем Ричард Вулси начал осваиваться на новом месте, пытаясь наладить отношения с членами экспедиции.

3. Разорванные узы (Broken Ties)

В ходе выполнения совершенно рутинного задания Декс оказался в плену у своего земляка Тира. Рейфы выбросили его за ненадобностью, но он решил доказать преданность хозяевам. Команда Шеппарда отправилась с Атлантиды отправилась на поиски друга, но им нужно успеть сделать это до того, как Рейфам удастся промыть ему мозги.

4. Другой Дедал (The Daedalus Variations)

На орбите Новой Лантии внезапно появился Дедал, тогда как он должен находиться на Земле. Сканирование показало, что на борту нет ни одного живого. Команда Шеппарда поднялась на борт и обнаружила в журнале последнюю запись о бедствии, сделанную капитаном Соболем. Пока группа высадки пыталась понять, что случилось, произошел неожиданный всплеск энергии, и Атлантида исчезла с поверхности планеты.

5. Дух машины (Ghost In The Machine)

Группа репликаторов, стремящаяся к вознесению, нашла способ перевести свои сознания в энергетическую форму и избавиться от физических тел. Но это оказалось совсем не вознесение. Тогда они прибыли в город Предков за помощью. Но обитатели Атлантиды узнали об этом лишь тогда, когда перед ними неожиданно появилась Френ.

6. Святыня (The Shrine)

Доктор Келлер обнаружила в мозгу Макке паразитирующий организм, который нельзя удалить хирургическим способом. Родни очень быстро теряет все свои знания, навыки и память. Джинни Миллер спешит в Атлантиду, чтобы навестить брата, но к моменту ее прибытия Маккей уже никого не узнает. Тогда Ронон рассказывает Джинни о святыне на планете Талус, в которой Родни перед смертью на один день сможет снова стать самим собой.

7. Шепот (Whispers)

Бекетт попросил отложить свое возвращение на Землю, пользуясь тем, что женская команда Атлантиды как раз обнаружила подземный комплекс Майкла с дюжиной подопытными в стазисе. Пока Карсон и доктор Элисон Портер изучали лабораторию, Шеппард и майор Энн Телди отправились осматривать окрестности. Ближайшая деревня оказалась заброшенной, но только когда ночной туман нарушил работу всей электроники, а гибриды начали пробуждаться, атлантийцы поняли, что не все из них переживут эту ночь.

8. Королева (The Queen)

Основываясь на исследованиях Майкла, на Атлантиде разработали новую генную терапию, которая дала Рейфам возможность питаться обычной пищей. Для тестов они обратились за содействием к Тодду, но он потребовал ответную услугу: ему как раз нужна была помощь Тейлы, чтобы она выдала себя за Королеву его улья, и Тодд смог вступить в переговоры с союзниками. Однако взаимные подозрения между Рейфами слишком сильны, и операция сразу же начала идти не по плану.

9. Идущий по следу (Tracker)

Маккей и Декс вместе вызываются помочь Келлер с медосмотром на другой планете. Но неожиданно Дженнифер исчезла, а Ронон позже обнаружил следы похищения. Тем временем на планету прибыли Рейфы, что дало Дексу понять об истинной причине исчезновения доктора Келлер.

10. Первый контакт (First Contact)

Несмотря на недовольство Маккея, доктор Джексон прибыл в город, чтобы изучать труды Януса - Древнего, который изобрел машину времени. Изыскания привели Атлантиду к первому контакту с новой расой галактики Пегас, и эта раса оказалась настроена вовсе не дружелюбно по отношению к атлантийцам. Их первое появление ознаменовала атака на город и похищение людей.

11. Пропавшее племя (The Lost Tribe)

Оказавшись в комплексе Януса на далёкой планете, Джексон и Маккей в пытаются отговорить Асгарда от запуска устройства, которое раз и навсегда уничтожит Рейфов. Декс и Келлер на Аполлоне противостоят Тодду, который захватил корабль, чтобы помешать активации устройства Аттеро. Шеппард и Зеленка на корабле Кочевников пытаются добраться до комплекса Януса раньше Тодда.

12. Чужаки (Outsiders)

Баларцам пришлось покинуть свой родной мир, потому что они не только имели иммунитет к чуме Хоффанов, но и стали ядовитыми для Рейфов. Они переселились на новую планету, местные жители которой согласились их принять. Но их настроение резко изменилось, когда они узнали, что Рейфы охотятся на Баларцев. Атлантийцы предложили переселить всех на другую планету, но некоторые предпочли пойти на сделку с врагом. В результате предательства Маккей и Бекетт оказываются в плену у Рейфов.

13. Расследование (Inquisition)

Народы Пегаса создали новую коалицию для борьбы с Рейфами. Связавшись с Атлантидой, они попросили Шеппарда прибыть на встречу. Однако, вместо переговоров об общей борьбе, команда Шеппарда оказывается на суде, где их обвиняют в преступлениях против народов галактики - создание Майкла, чумы Хоффанов и так далее. Вулси прибывает на суд, чтобы защищать подчиненных. Ему придется выяснить, кто руководит процессом.

14. Блудный сын (Prodigal)

Прибывший через врата Прыгун совершенно неожиданно для всех испустил энергетический импульс, который «отключил» всех обитателей города. Майкл и его слуги прибыли в Атлантиду за Тейлой и ее ребенком. Энергетическое поле накрыло всю главную башню и лишило команду Шеппарда возможности приблизиться к захватчикам. Когда же Джону и Родни удался обходной маневр, а Тейла смогла сбежать и хорошо спрятаться, Майкл решил активировать самоуничтожение города.

15. Осколки (Remnants)

Вулси начинает флиртовать с привлекательной ученой, недавно прибывшей в город, однако, когда он пытается навести о ней справки, оказывается, что ее не существует. Ситуация осложняется тем, что МНК как раз прислал агента для оценки работы Вулси. Тем временем Шеппард попал в плен на материке Новой Лантии старым знакомым Акастусом Колей.

16. Мозговой штурм (Brain Storm)

Старый соперник пригласил Маккея на Землю, на презентацию устройства, управляющего погодой. Родни взял в спутницы Дженнифер. Довольно быстро выяснилось, что устройство работает, но что-то пошло неправильно, и его нельзя выключить. Вскоре в опасности оказывается жизнь Келлер, а в окрестностях секретного комплекса погода начинает сильно портиться грозя полным уничтожением всего живого...

17. Инфекция (Infection)

Команды Шеппарда и Лорна отправляются на корабль-улей, который внезапно появился около Новой Лантии. Корабль принадлежал Тодду, который подверг свой экипаж новой генной терапии Келлер. Неожиданно у вакцины обнаружился побочный эффект, и всем Рейфам пришлось впасть в спячку. Корабль казался пустынным, но свет в коридорах улья моргал, а стены двигались. Один из пехотинцев Лорна обнаружил коридор, в котором заметил Рейфа-воина без маски. Он успел вызвать командира, но пока Эван и Джон прибежали, то уже не обнаружили, ни пехотинца, ни коридора...

18. Личность (Identity)

Воровка Нива с помощью устройства Древних обменивается телами с Дженнифер. До тех пор, пока ни кто в городе не видит подмены, Нива начинает представлять угрозу для них. Тем временем Келлер пытается разобраться с подельниками Нивы, не выдав себя, ведь правда обо всём может стоить ей жизни.

19. Вегас (Vegas)

Детектив Шеппард прибывает на место преступления в Неваде. Найден труп предположительно белого человека - точнее определить трудно, потому что от тела остались только кости с иссушенной кожей. После встречи с агентом ФБР Вулси, Джона приглашают в Зону 51, где он знакомится с доктором Маккеем, который специально прибыл из галактики Пегас, полагая, что разыскиваемый серийный маньяк - представитель инопланетной расы, проникший на Землю.

20. Враг у ворот (Enemy at the Gate)

Тодд передал на Атлантиду сообщение, что Рейфам удалось найти несколько МНТ, и они строят новый огромный улей. Команда города решает уничтожить корабль, пока он не достроен. Но они прибывают слишком поздно. Улей наносит серьезные повреждения Дедалу, но неожиданно скрывается в гиперпространстве. Макеею удается запеленговать сигнал из другой реальности. После его расшифровки становится ясно, что кто-то передал Рейфам координаты Земли.